W czasie II wojny światowej ruch ludowy był współtwórcą i jednym z głównych filarów Polskiego Państwa Podziemnego. Ludowcy zdobyli duże wpływy w rządzie emigracyjnym w Londynie, jak i jego delegaturach w kraju. Po tragicznej śmierci gen. Władysława Sikorskiego funkcję premiera rządu polskiego pełnił Stanisław Mikołajczyk.

W podziemiu ludowcy stworzyli silną partię konspiracyjną - Stronnictwo Ludowe "Roch" oraz powołali własną organizację zbrojną - Bataliony Chłopskie. Pod względem liczebności BCh były po Armii Krajowej drugą siłą zbrojną Państwa Podziemnego. W czynnej walce z okupantem uczestniczyło 157 tysięcy żołnierzy BCh. 70 Oddziałów partyzanckich i około 400 Oddziałów Specjalnych BCh przeprowadziło kilka tysięcy akcji bojowych. Bataliony Chłopskie jako pierwsze przystąpiły do otwartych walk przeciwko okupantowi. Występując w obronie wysiedlanej ludności Zamojszczyzny, żołnierze BCh stoczyli bitwy pod Wojdą, Zaborecznem i Różą, które były początkiem działań zbrojnych w całym kraju.

Znaczącymi organizacjami konspiracyjnego ruchu ludowego na wsi były także istniejące od 1941 roku Związek Pracy Ludowej "Orka" i Ludowy Związek Kobiet, liczący około 20 tys. osób. Z jego szeregów rekrutowały się członkinie Zielonego Krzyża, niosącego pomoc sanitarną żołnierzom BCh oraz prześladowanym przez okupanta. W okresie okupacji zginęło ponad 10 tysięcy działaczy ludowych i żołnierzy BCh.

Po wyzwoleniu, gdy Polska znalazła się w zasięgu wpływów polityki sowieckiej, a władzę w kraju przejęli komuniści, ludowcy zorganizowani w Polskim Stronnictwie Ludowym - milionowej partii kierowanej przez Stanisława Mikołajczyka - nie godząc się z narzucanym systemem, podjęli walkę polityczną o wolność i demokrację.

W swym programie PSL głosiło założenia ideologii agraryzmu, odrzucenie dyktatury proletariatu i kierowniczej roli partii robotniczej. W budowie nowego ładu społecznego proponowali koncepcję "trzeciej drogi", mającej stanowić pośrednią formę ustrojową pomiędzy kapitalizmem a socjalizmem. Stronnictwo stanęło w opozycji wobec linii politycznej partii komunistycznej, licząc na zwycięstwo w wyborach parlamentarnych.

Pomimo szerokiego poparcia społeczeństwa i Kościoła, w wyniku fałszerstw w wyborach do sejmu w 1947 roku, szykan i aresztowań, PSL poniosło klęskę. Represje wobec działaczy PSL doprowadziły do rozbicia Stronnictwa. Jego przywódca Stanisław Mikołajczyk, zagrożony aresztowaniem, musiał nielegalnie wyjechać z Polski. Była to klęska polskiej demokracji, początek totalitaryzmu w Polsce trwającego przez kolejne półwiecze. Od tego czasu ruch ludowy działał w szczególnych warunkach systemu komunistycznego. Był to okres poszukiwań własnej drogi i miejsca dla ruchu ludowego w zaistniałej rzeczywistości, a także wielu rozczarowań, błędów.